柬埔寨是东南亚大陆的一个小国，毗邻泰国湾。它的面积为 181,035 km2，介于北 10 到 15o 和 102 和 108oE 之间。该国拥有属于164个科的852个属的2,308种植物物种，其中包括属于裸子植物的7个属和14个物种；属于单子叶植物的219个属和488个物种；以及属于双子叶植物的626个属和1,806个物种。由于尚未进行系统和完整的研究，据估计，柬埔寨的完整清单预计将超过3,000种，预计该国至少还有700种物种将被描述为科学界的新物种（Aswell，1997年）。2000年世界保护监测中心估计，柬埔寨有8,260种植物，其中10％将是地方性植物。

1991年和2001年，在两个省份分别进行了几次调查，记录了57和125个水生大型无脊椎动物分类群，包括Insecta、Oligochaeta、软体动物、甲壳类动物等。描述了28种两栖动物和爬行动物。共记录了874种鱼类，其中490种——来自64个科的淡水鱼，410种——来自83个科的咸水鱼类，22种受到威胁；1种是地方性的；13种引进的鱼类。已经记录了500多只鸟，但这个数字很可能很容易达到600多只。

柬埔寨保护区系统包括7个国家公园（742,250公顷）、10个野生动物保护区（2,030,000公顷）、3个保护区（9,700公顷）、3个多用途区域（403,950公顷）、6个保护林（135万公顷）和8个鱼类保护区（23,544公顷）。

在过去的几十年中，柬埔寨的森林面积和质量都大幅下降。早在1969年，该国的森林覆盖了约1,320万公顷，占该国总土地面积的73％。但是，粮农组织最近的一项森林资源评估（2005年）表明，自2000年以来，柬埔寨已经损失了四分之一以上的剩余原始森林，该国在原生林流失方面排名世界第三。无论差异如何，在1997年至2002年期间，森林变化的趋势每年加速约5％或1％（IFSR 2004），并且在2002年至2005年期间仍以2％（CDRI 2006年）及以后的速度进一步增加。

在490种淡水鱼类中，至少有45种物种已经具有重要的商业意义，22种受威胁的鱼类因其保护意义而获得认可。越来越突出的是，水生栖息地正在转用于农业和其他土地利用类型，鱼类迁徙模式受到水文基础设施发展的限制，特别是在湄公河上游和洪泛区当地灌溉计划。被洪水淹没的森林最初占地超过100万公顷，在1960年代减少到仅61.4万公顷，在1991年减少到36.2万公顷。

国际水稻研究所（IRRI）最近的调查确定了柬埔寨使用的2000多种不同的水稻品种。在柬埔寨总水稻种植面积2,585,905公顷（2007年）中，86％是雨水灌溉的低地水稻，8％是旱季水稻，4％是浮稻，2％是陆地水稻。

列出了对该国生物多样性的多种威胁。遗传侵蚀是由于人们无法保护他们以前拥有的旧品种，农业系统的变化，农用化学品、杀虫剂和除草剂的使用增加是遗传资源流失和新耕作体系引入的潜在原因。栖息地丧失是由于对增加农用地、薪材和非木材林业产品以及基础设施发展的需求。不可持续的采伐包括狩猎、伐木、焚烧、收集非木材森林产品（NTFP）和过度捕捞。水力发电开发以及城市和工业发展通过水文状况和污染的变化给水生生态系统带来压力。外来物种的存在，其中一些是为了农业目的，正在成为一种威胁，这种威胁在气候变化情况下可能会加剧。