ឥណ្ឌូណេស៊ី ជាប្រទេសប្រជុំកោះត្រូពិច ដែលស្ថិតនៅលើទ្វីបចំនួនពីរ គឺអាស៊ី និងអូស្ត្រាលី និងមហាសមុទ្រពីរ គឺមហាសមុទ្រប៉ាស៊ីហ្វិក និងមហាសមុទ្រឥណ្ឌា។ កោះចំនួន 18,110 ត្រូវបានគេកត់ត្រាទុកដែល 10 ភាគរយជាកោះផ្កាថ្មដែលមានកម្ពស់តិចជាង 2 ម៉ែត្រ។ ទឹកដីនៃប្រទេសឥណ្ឌូណេស៊ីគ្របដណ្តប់ 1,919,440 គីឡូម៉ែត្រ2 ខណៈដែលទឹករបស់ប្រទេសនេះលាតសន្ធឹងជាង 3,257,483 គីឡូម៉ែត្រ2 ជាមួយនឹងឆ្នេរសមុទ្រប្រវែង 108,920 គីឡូម៉ែត្រ។ តាមភូគព្ភសាស្ត្រ ឥណ្ឌូនេស៊ីត្រូវបានឆ្លងកាត់ដោយជួរភ្នំវ័យក្មេងពីរនៃពិភពលោកគឺភ្នំមេឌីទែរ៉ាណេនៅភាគខាងលិច និងភ្នំប៉ាស៊ីហ្វិក Circum នៅខាងកើត។ ផ្លូវភ្នំទាំងពីរនេះបានបណ្តាលឱ្យប្រទេសឥណ្ឌូណេស៊ីមានភ្នំភ្លើងសកម្មជាច្រើន ដែលជារឿយៗត្រូវបានគេហៅថា Pacific Ring of Fire ។ ជីវភូមិសាស្ត្រ ទេសភាពនៃប្រទេសឥណ្ឌូនេស៊ីបង្កើតបានជាតំបន់ជីវសាស្រ្ត ដែលអាចបំបែកបានរវាងជីវភូមិសាស្ត្រនៃរុក្ខជាតិ និងសត្វអាស៊ីជាមួយអូស្ត្រាលី ដូច្នេះហើយខ្សែ Wallacea និងបន្ទាត់ជីវភូមិសាស្ត្រត្រូវបានបង្កើតឡើង ដូចជាខ្សែ Weber និង Lydekker ។ បន្ទាត់ Wallace គឺផ្អែកលើការសិក្សាអំពីសត្វឆ្អឹងខ្នង និងរុក្ខជាតិ ខណៈដែលខ្សែ Weber គឺដោយការសិក្សាត្រី និងការចែកចាយ Lydekker ដោយការសិក្សាអំពីការចែកចាយថនិកសត្វ។ មុខតំណែង និងការសិក្សាទាំងនោះកំណត់វិសាលភាពជីវភូមិសាស្ត្ររបស់ប្រទេសឥណ្ឌូនេស៊ីជាមួយនឹងចំនួនដ៏ច្រើននៃជីវចម្រុះ។