Indonesia adalah negara kepulauan tropika yang terletak di dua benua, iaitu Asia dan Australia dan dua lautan, iaitu Lautan Pasifik dan Hindi. Sebanyak 18,110 pulau telah didokumentasikan di mana 10 peratus adalah pulau karang dengan ketinggian kurang dari 2 meter. Wilayah darat Indonesia meliputi 1,919,440 km2 manakala perairan negara ini memanjang lebih dari 3,257,483 km2 dengan garis pantai 108,920 km. Secara geologi, Indonesia dilalui oleh dua banjaran gunung muda di dunia, iaitu Pergunungan Mediterranean di sebelah barat dan Pergunungan Circum Pasifik di timur. Kedua-dua laluan pergunungan ini menyebabkan Indonesia mempunyai banyak gunung berapi aktif, yang sering disebut sebagai Cincin Api Pasifik. Secara biogeografi, landskap Indonesia membentuk bioregion yang boleh dipisahkan antara biogeografi flora dan fauna Asia dengan Australasia sehingga garis Wallacea dan garis biogeografi terbentuk, seperti garis Weber dan Lydekker. Garis Wallace lebih berdasarkan kajian vertebrata dan tumbuhan, manakala garis Weber adalah dengan kajian ikan dan taburan Lydekker dengan kajian taburan mamalia. Kedudukan dan kajian tersebut menentukan skop biogeografi Indonesia dengan sejumlah besar biodiversiti.