印度尼西亚是一个热带群岛国家，位于两大洲，即亚洲和澳大利亚以及两个大洋，即太平洋和印度洋。已经记录了多达18,110个岛屿，其中10％是海拔小于2米的珊瑚岛。印度尼西亚的陆地领土占地1,919,440平方公里，而该国的水域面积超过3,257,483平方千米，海岸线为108,920千米。从地质学上讲，印度尼西亚横跨世界上两座年轻的山脉，即西边的地中海山脉和东边的太平洋环山脉。这两条山路使印度尼西亚拥有许多活火山，这些火山通常被称为太平洋火环。从生物地理学上讲，印度尼西亚的景观形成了一个生物区域，可以将其与大洋洲分隔在亚洲动植物的生物地理学中，因此形成了华莱士线和生物地理线，例如韦伯线和莱德克线。华莱士系更多地基于对脊椎动物和植物的研究，而韦伯系则基于对鱼类的研究，而莱德克的分布则是对哺乳动物分布的研究。这些立场和研究界定了印度尼西亚具有大量生物多样性的生物地理范围。