Ekosistem pertanian ialah ekosistem buatan yang dicipta dalam proses membangunkan kawasan tanah dan pantai/akuatik untuk pertanian, penternakan, dan memancing.

Sejak pertanian berkembang untuk membawa keuntungan bagi masyarakat manusia, ini menunjukkan bahawa orang telah terus mendapat banyak faedah daripada jenis ekosistem ini. Ia telah berfungsi sebagai sumber makanan dan mata pencarian utama rakyat, serta keperluan asas lain, selama beberapa generasi. Dalam kes Filipina, secara historis ia merupakan salah satu pemacu ekonomi utama bagi negara ini.

Terdapat kira-kira 1,210 spesies tumbuhan pertanian tempatan di sini, lebih satu pertiga daripadanya mempunyai nilai makanan. Pertanian juga menyokong tanaman tunai lain untuk nilai makanan, perubatan/herba, hiasan dan industri. Beras, jagung, dan kelapa adalah jenis utama hasil yang diperoleh melalui pertanian di Filipina.

Boleh dikatakan bahawa ekosistem pertanian terancam dan berfungsi sebagai ancaman kepada ekosistem lain juga, walaupun kepentingan sosio-ekonomi yang tidak dapat dipertikaikan. Di satu pihak, pembangunan bandar yang berterusan untuk kegunaan tanah kediaman dan komersil menceroboh tanah pertanian. Sebaliknya, petani terpaksa bergerak dataran tinggi, merosakkan ekosistem hutan dalam prosesnya.

Satu lagi isu penting yang perlu ditangani dalam hal-hal mengenai pertanian ialah perdebatan yang melibatkan tanaman hibrid bernilai tinggi dan organisma yang diubahsuai secara genetik yang dipicu oleh apa yang disebut Revolusi Hijau tahun 1960-an. Walaupun aplikasi bioteknologi moden ini dibangunkan dengan mempertimbangkan faedah manusia (iaitu meningkatkan bekalan makanan dan memastikan keselamatan makanan dunia), risiko alam sekitar dan kesihatan manusia yang terlibat dalam pembiakan tanaman tersebut masih belum dikaji dengan secukupnya dan oleh itu masih banyak diperdebatkan dalam kempen perlindungan dan pemuliharaan biodiversiti keseluruhan.