农业生态系统是在开发土地和沿海/水域用于农业、畜牧业和渔业的过程中创建的人工生态系统。

自从农业演变为人类社会带来收益以来，人们继续从这些类型的生态系统中获得许多好处。几代人以来，它一直是人们维持生计以及其他基本需求的主要来源。就菲律宾而言，它历来是该国的主要经济驱动力之一。

这里大约有1,210种当地农业植物，其中三分之一以上具有食物价值。农业还支持其他经济作物的饲料、药用/草药、观赏和工业价值。水稻、玉米和椰子是菲律宾通过农业获得的主要农产品类型。

可以说，农业生态系统既受到威胁，也对其他生态系统构成威胁，尽管其社会经济重要性不容置疑。一方面，持续的城市住宅和商业用地开发正在侵占农业用地。反过来，农民被迫迁移到高地，在此过程中损害了森林生态系统。

农业事务中需要解决的另一个重要问题是1960年代所谓的绿色革命引发的涉及高价值杂交作物和转基因生物的辩论。尽管开发现代生物技术的这些应用时考虑到了人类的利益（即增加粮食供应和确保世界粮食安全），但此类作物的繁殖所涉及的环境和人类健康风险尚未得到充分研究，因此在整个生物多样性保护和保护运动中仍有许多争论。