Walaupun hutan adalah ciri khas biodiversiti darat Filipina, terumbu karang memberikan negara ini reputasi yang sama hebat ketika datang ke ekosistem akuatik. Memiliki 5% daripada jumlah terumbu karang 617,000 km persegi di dunia, Filipina adalah sebahagian daripada “Segitiga Karang” di dunia, yang menyertai Indonesia, Malaysia, Papua New Guinea, Kepulauan Solomon, dan Timor-Leste sebagai negara-negara yang mempunyai ekosistem terumbu karang yang paling luas di dunia. Malah, pulau Verde di Batangas telah diperhatikan sebagai “pusat pusat” keanekaragaman hayati laut di dunia.

Terumbu karang terdiri daripada deposit besar kalsium karbonat yang mengambil masa berabad-abad untuk dihasilkan dan berkembang. Kerana proses yang panjang, terumbu karang adalah ekosistem yang sangat halus dan disebabkan oleh langkah perlindungan yang luas. Contoh kerosakan baru-baru ini berlaku di Terumbu Tubbataha di Laut Sulu pada Januari 2013, di mana kira-kira 1,000 meter persegi terumbu karang rosak.