森林是菲律宾陆地生物多样性的显著特征，而珊瑚礁在水生生态系统方面也同样享有很高的声誉。菲律宾拥有全球总共617,000平方公里珊瑚礁的5％，是世界 “珊瑚三角” 的一部分，与印度尼西亚、马来西亚、巴布亚新几内亚、所罗门群岛和东帝汶一起成为世界上拥有最广泛珊瑚礁生态系统的国家。实际上，八打雁的佛得角岛被认为是世界海洋生物多样性的 “中心”。

珊瑚礁由大量的碳酸钙沉积物组成，这些沉积物需要几个世纪才能生产和发展。由于过程如此漫长，珊瑚礁是非常脆弱的生态系统，应采取广泛的保护措施。最近的一个破坏例子发生在苏禄海的图巴塔哈礁，那里约有1,000平方米的珊瑚礁遭到破坏。