Trong khi rừng là một đặc điểm đặc biệt của đa dạng sinh học trên cạn của Philippines, các rạn san hô mang lại cho đất nước một danh tiếng tương tự khi nói đến hệ sinh thái dưới nước. Sở hữu 5% trong tổng số 617.000 km vuông rạn san hô trên thế giới, Philippines là một phần của “Tam giác san hô” của thế giới, cùng với Indonesia, Malaysia, Papua New Guinea, quần đảo Solomon và Timor-Leste là những quốc gia có hệ sinh thái rạn san hô rộng lớn nhất trên thế giới. Trên thực tế, đảo Verde ở Batangas đã được ghi nhận là “trung tâm của trung tâm” đa dạng sinh học biển trên thế giới.

Các rạn san hô bao gồm các mỏ canxi cacbonat khổng lồ mất nhiều thế kỷ để sản xuất và phát triển. Do một quá trình dài như vậy, các rạn san hô là hệ sinh thái rất mỏng manh và do các biện pháp bảo vệ rộng rãi. Một ví dụ gần đây về thiệt hại xảy ra tại rạn san hô Tubbataha ở biển Sulu vào tháng 1 năm 2013, nơi khoảng 1.000 mét vuông rạn san hô bị hư hại.