ระบบนิเวศทางการเกษตรเป็นระบบนิเวศเทียมที่สร้างขึ้นในกระบวนการพัฒนาที่ดินและพื้นที่ชายฝั่ง/น้ำเพื่อการทำฟาร์ม การเลี้ยงสัตว์ และการตกปลา

เนื่องจากการเกษตรมีวิวัฒนาการเพื่อสร้างผลกำไรให้กับสังคมมนุษย์จึงเป็นไปตามว่าผู้คนยังคงได้รับประโยชน์มากมายจากระบบนิเวศประเภทนี้มันทำหน้าที่เป็นแหล่งอาหารและการดำรงชีวิตหลักของประชาชน ตลอดจนความต้องการพื้นฐานอื่น ๆ มาหลายชั่วอายุคนในกรณีของฟิลิปปินส์มันเป็นหนึ่งในตัวขับเคลื่อนทางเศรษฐกิจหลักของประเทศ

มีพืชเกษตรท้องถิ่นประมาณ 1,210 ชนิดที่นี่ซึ่งมากกว่าหนึ่งในสามมีคุณค่าทางอาหารการเกษตรยังสนับสนุนพืชเงินสดอื่น ๆ สำหรับค่าอาหารสัตว์ ยา/สมุนไพร ประดับ และอุตสาหกรรมข้าว ข้าวโพด และมะพร้าวเป็นผลิตภัณฑ์หลักที่ได้จากการเกษตรในฟิลิปปินส์

อาจกล่าวได้ว่าระบบนิเวศทางการเกษตรทั้งถูกคุกคามและทำหน้าที่เป็นภัยคุกคามต่อระบบนิเวศอื่น ๆ เช่นกันแม้ว่าจะมีความสำคัญทางเศรษฐกิจและสังคมที่ไม่ต้องสงสัยในด้านหนึ่ง การพัฒนาเมืองอย่างต่อเนื่องสำหรับการใช้ที่ดินที่อยู่อาศัยและเชิงพาณิชย์กำลังบุกรุกที่ดินเพื่อการเกษตรในทางกลับกันเกษตรกรถูกบังคับให้ย้ายที่สูงขึ้นซึ่งทำร้ายระบบนิเวศป่าในกระบวนการ

ประเด็นสำคัญอีกประการหนึ่งที่ต้องได้รับการแก้ไขในเรื่องเกี่ยวกับการเกษตรคือการอภิปรายที่เกี่ยวข้องกับพืชลูกผสมที่มีมูลค่าสูงและสิ่งมีชีวิตดัดแปลงพันธุกรรมที่เกิดจากการที่เรียกว่าการปฏิวัติสีเขียวของทศวรรษ 1960แม้ว่าการประยุกต์ใช้เทคโนโลยีชีวภาพสมัยใหม่เหล่านี้ได้รับการพัฒนาโดยคำนึงถึงประโยชน์ของมนุษยชาติ (เช่น การเพิ่มอุปทานอาหารและรับประกันความมั่นคงด้านอาหารของโลก) ความเสี่ยงด้านสิ่งแวดล้อมและสุขภาพของมนุษย์ที่เกี่ยวข้องกับการขยายพันธุ์พืชดังกล่าวยังไม่ได้รับการศึกษาอย่างเพียงพอ ดังนั้นจึงยังคงเป็นที่ถกเถียงกันมากในแคมเปญการคุ้มครองและการอนุรักษ์ความหลากหลายทางชีวภาพโดยรวม