ในขณะที่ป่าไม้เป็นลักษณะที่โดดเด่นของความหลากหลายทางชีวภาพบนบกของฟิลิปปินส์ แนวปะการังทำให้ประเทศมีชื่อเสียงที่โดดเด่นเช่นเดียวกันเมื่อพูดถึงระบบนิเวศทางน้ำฟิลิปปินส์เป็นเจ้าของแนวปะการังทั้งหมด 617,000 ตารางกิโลเมตรของโลก 5% ของแนวปะการังทั้งหมด 617,000 ตารางกิโลเมตร เป็นส่วนหนึ่งของ “สามเหลี่ยมปะการัง” ของโลก ซึ่งเข้าร่วมกับอินโดนีเซีย มาเลเซีย ปาปัวนิวกินี หมู่เกาะโซโลมอน และติมอร์-เลสเตซึ่งเป็นประเทศที่มีระบบนิเวศแนวปะการังที่กว้างขวางที่สุดในโลกในความเป็นจริงเกาะ Verde ใน Batangas ได้รับการยกย่องว่าเป็น “ศูนย์กลางของศูนย์” ของความหลากหลายทางชีวภาพทางทะเลในโลก

แนวปะการังประกอบด้วยแคลเซียมคาร์บอเนตจำนวนมากซึ่งใช้เวลาหลายศตวรรษในการผลิตและพัฒนาเนื่องจากกระบวนการที่ยาวนานเช่นนี้แนวปะการังจึงเป็นระบบนิเวศที่บอบบางมากและต้องมีมาตรการป้องกันที่กว้างขวางตัวอย่างล่าสุดของความเสียหายที่เกิดขึ้นที่แนวปะการัง Tubbataha ในทะเลซูลูในเดือนมกราคม 2013 ซึ่งแนวปะการังประมาณ 1,000 ตารางเมตรได้รับความเสียหาย