รายงานความหลากหลายทางชีวภาพแห่งชาติครั้งที่ 5 เป็นรายงานเกี่ยวกับการดำเนินการตามบทความและโปรแกรมการทำงานของอนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพของประเทศอินโดนีเซียภาพรวมเกี่ยวกับสถานะ แนวโน้ม และภัยคุกคามของความหลากหลายทางชีวภาพนำเสนอในบทที่ 1ในบทนี้มีการรายงานสภาพความหลากหลายทางชีวภาพของอินโดนีเซียความหลากหลายของสายพันธุ์ที่บันทึกไว้ประกอบด้วยสาหร่าย 1,500 ชนิด เชื้อรา 80,000 ชนิด ไลเคน 595 ชนิด เฟิร์น 2,197 ชนิด และสเปร์โมไฟต์ 30,000 — 40,000 สายพันธุ์ ซึ่งคิดเป็น 15.5% ของพืชโลกนอกจากนี้ สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม นก สัตว์เลื้อยคลานปลา 8,157 สายพันธุ์ และผีเสื้อ 1,900 ชนิดซึ่งคิดเป็น 10% สายพันธุ์บนโลกยังได้รับการจัดทำเช่นกันจำนวนสายพันธุ์ที่ใช้เพื่ออาหารและการเกษตรเพิ่มขึ้นเมื่อเทียบกับสายพันธุ์ทั้งหมดที่รายงานในรายงานความหลากหลายทางชีวภาพแห่งชาติครั้งที่ 4สถานการณ์ที่คล้ายกันเกิดขึ้นในจำนวนสายพันธุ์สำหรับการเลี้ยงสัตว์^{ภายใต้ทรัพยากรที่ จำกัด ครอบคลุมพื้นที่น้ำ 3.25 ล้านกม. 2 ของอินโดนีเซีย และโซนพิเศษทางเศรษฐกิจมากกว่า 2.55 ล้านกิโลเมตร โดยมีเส้นชายฝั่ง 80,791 กม. รวม 7.81 ล้านกม. 2 ของดินแดนสาธารณรัฐอินโดนีเซีย จำนวนสัตว์ที่บันทึกไว้ถึง 5,319 ชนิด}ข้อมูลที่เป็นเอกสารเกี่ยวกับพืชป่าชายเลน สาหร่าย และหญ้าทะเลได้แสดงให้เห็นถึง 6,396 ชนิดจากทั้งหมด 6,396 สายพันธุ์เหล่านั้น พบสาหร่ายและพืชทะเลรวม 1,077 ชนิดในน่านน้ำของอินโดนีเซียภัยคุกคามหลักต่อความหลากหลายทางชีวภาพ ได้แก่ (i) การเปลี่ยนแปลงที่อยู่อาศัย (ii) การไหลเข้าของสัตว์ต่างดาวรุกราน (iii) มลพิษ (iv) การแสวงหาผลประโยชน์มากเกินไป และ (v) การเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศภัยคุกคามจะต้องถูกกำจัดผ่านแผนปฏิบัติการและกลยุทธ์ที่ดำเนินการได้อินโดนีเซียกำลังอยู่ในระหว่างการอัปเดตแผนกลยุทธ์และปฏิบัติการทางชีวภาพทางชีวภาพของอินโดนีเซีย (IBSAP) 2015-2020คำอธิบายของเนื้อหา IBSAP นำเสนอในบทที่ IIจากการทบทวนการดำเนินการ IBSAP ในปี 2012 สำนักงานพัฒนาและการวางแผนแห่งชาติ (BAPPENAS) แสดงให้เห็นว่าอย่างน้อยแปดองค์ประกอบมีอิทธิพลต่อการพัฒนาและกิจกรรมนโยบายความหลากหลายทางชีวภาพองค์ประกอบเหล่านั้น ได้แก่: (i) ข้อมูลเชิงลึกในท้องถิ่น/จังหวัดไม่เพียงพอ (ii) ปัญหาความหลากหลายยังไม่กลายเป็นปัญหาหลัก (iii) การสนับสนุนทางการเมืองไม่เพียงพอ (iv) ความสามารถของมนุษย์ไม่เพียงพอในการรับรู้ความหลากหลายทางชีวภาพ (vi) นโยบายความหลากหลายทางชีวภาพที่ไม่ได้รับการเผยแพร่ (vii) การไม่มีสถาบันการตรวจสอบและประเมินในระดับท้องถิ่น