อินโดนีเซียเป็นประเทศหมู่เกาะเขตร้อนตั้งอยู่บนสองทวีป ได้แก่ เอเชียและออสเตรเลียและมหาสมุทรสองมหาสมุทรคือมหาสมุทรแปซิฟิกและมหาสมุทรอินเดียมีการบันทึกเกาะ 18,110 เกาะที่ร้อยละ 10 เป็นเกาะปะการังที่มีความสูงน้อยกว่า 2 เมตรดินแดนทางบกของอินโดนีเซียครอบคลุม 1,919,440 กิโลเมตร2 ในขณะที่น้ำของประเทศขยายออกไปกว่า 3,257,483 กิโลเมตร2 โดยมีแนวชายฝั่ง 108,920 กม.ทางธรณีวิทยาอินโดนีเซียถูกข้ามด้วยเทือกเขาเล็กสองแห่งของโลก ได้แก่ เทือกเขาเมดิเตอร์เรเนียนทางทิศตะวันตกและเทือกเขาแปซิฟิกเซอร์คัมทางทิศตะวันออกเส้นทางภูเขาทั้งสองนี้ทำให้อินโดนีเซียมีภูเขาไฟที่ใช้งานอยู่จำนวนมาก ซึ่งมักเรียกว่าวงแหวนแห่งไฟแปซิฟิกในทางชีวภูมิศาสตร์ ภูมิทัศน์ของอินโดนีเซียก่อตัวเป็นภูมิภาคชีวภาพซึ่งสามารถแยกออกจากกันระหว่างชีวภูมิศาสตร์ของพืชและสัตว์ในเอเชียกับออสเตรเลเซียเพื่อให้เส้น Wallacea และเส้นชีวภูมิศาสตร์เกิดขึ้น เช่น เส้น Weber และ Lydekkerสายวอลเลซมีพื้นฐานมาจากการศึกษาสัตว์มีกระดูกสันหลังและพืชมากกว่าในขณะที่สายเวเบอร์เป็นโดยการศึกษาการกระจายของปลาและการกระจายของ Lydekker โดยการศึกษาการกระจายของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมตำแหน่งและการศึกษาเหล่านั้นกำหนดขอบเขตชีวภูมิศาสตร์ของอินโดนีเซียด้วยความหลากหลายทางชีวภาพจำนวนมาก