Wilayah ASEAN dikurniakan biodiversiti yang mengekalkan sistem sokongan kehidupan yang penting untuk rantau ini dan dunia. Keanekaragaman hayati ini menyokong mata pencarian dan budaya, dan penting untuk kelangsungan hidup dan kesejahteraan berjuta-juta orang di dalam dan di luar ASEAN. Biodiversiti semakin terancam oleh kebimbangan alam sekitar global dan serantau seperti perubahan iklim, pemusnahan habitat, penebangan hutan, pencemaran, perdagangan hidupan liar haram, spesies asing invasif, kemiskinan dan pertumbuhan populasi, penguatkuasaan undang-undang yang tidak berkesan, dan kekurangan langkah pemuliharaan yang berkesan, antara lain. Industri ekstraktif, seperti perlombongan, pembalakan, dan perikanan, cenderung menuai sumber di luar batasnya dan sering menggunakan amalan perniagaan yang tidak bertanggungjawab untuk meningkatkan hasil dan keuntungan.

World Wide Fund for Alam Living Planet Report 2014 menentukan bahawa lebih daripada 60 peratus ekosistem dunia telah merosot sehingga mereka tidak lagi dapat menyediakan barang dan perkhidmatan yang berkualiti. Walaupun nilai degradasi ekosistem keseluruhan sukar untuk dinilai di ASEAN, kajian skop luas rantau pada tahun 2012 mengenai ekonomi ekosistem dan biodiversiti yang dijalankan oleh Pusat Biodiversiti ASEAN (ACB) menyatakan bahawa di bawah senario perniagaan seperti biasa (BAU), jangkaan kehilangan nilai perkhidmatan ekosistem akibat penurunan kawasan bakau dianggarkan pada USD 2.16 bilion setiap tahun (pada harga 2007). Dalam kes ekosistem pantai dan laut, kerugian tahunan sebanyak USD 5.64 bilion setahun (pada harga 2007) untuk tempoh 2000-2050 diunjurkan jika kadar penangkapan ikan berlebihan semasa dan penggunaan amalan memancing yang merosakkan berterusan.