ภูมิภาคอาเซียนมีความหลากหลายทางชีวภาพที่ยังคงรักษาระบบการสนับสนุนชีวิตที่จำเป็นทั้งในภูมิภาคและทั่วโลกความหลากหลายทางชีวภาพนี้สนับสนุนการดำรงชีวิตและวัฒนธรรม และมีความสำคัญต่อการอยู่รอดและความเป็นอยู่ที่ดีของคนนับล้านคนในและนอกอาเซียนความหลากหลายทางชีวภาพถูกคุกคามมากขึ้นจากความกังวลด้านสิ่งแวดล้อมทั่วโลกและภูมิภาค เช่น การเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ การทำลายที่อยู่อาศัย การตัดไม้ทำลายป่า มลพิษ การค้าสัตว์ป่าที่ผิดกฎหมาย สิ่งมีชีวิตต่างดาวรุกราน ความยากจนและการเติบโตของประชากร การบังคับใช้กฎหมายที่ไม่มีประสิทธิภาพ และการขาดมาตรการอนุรักษ์ที่มีประสิทธิภาพอุตสาหกรรมสกัดเช่นการทำเหมืองการตัดไม้และการตกปลามีแนวโน้มที่จะเก็บเกี่ยวทรัพยากรเกินขีด จำกัด และมักใช้แนวทางปฏิบัติทางธุรกิจที่ไม่รับผิดชอบเพื่อเพิ่มผลผลิตและผลกำไร

World Wide Fund for Nature Living Planet Report ปี 2014 ระบุว่ามากกว่า 60 เปอร์เซ็นต์ของระบบนิเวศของโลกถูกเสื่อมสภาพจนไม่สามารถจัดหาสินค้าและบริการที่มีคุณภาพได้อีกต่อไปแม้ว่ามูลค่าของการเสื่อมสภาพของระบบนิเวศโดยรวมจะประเมินได้ยากในอาเซียน แต่การศึกษาด้านเศรษฐศาสตร์ของระบบนิเวศและความหลากหลายทางชีวภาพในปี 2555 ที่ดำเนินการโดย ASEAN Centre for Biodiversity (ACB) ระบุว่าภายใต้สถานการณ์ธุรกิจตามปกติ (BAU) คาดว่าการสูญเสียมูลค่าของบริการระบบนิเวศจากการลดลงของพื้นที่ชายเลนจะอยู่ที่ประมาณ 2.16 พันล้านเหรียญต่อปี (ปี 2007)ในกรณีของระบบนิเวศชายฝั่งและทางทะเลคาดว่าจะมีการสูญเสียต่อปี 5.64 พันล้านเหรียญสหรัฐต่อปี (ในราคา 2007) ในช่วงปี 2000—2050 หากอัตราการตกปลามากเกินไปในปัจจุบันและการใช้แนวทางปฏิบัติในการตกปลาที่ทำลายล้างยังคงดำเนินต่อไป