Các hệ sinh thái nước ngọt xảy ra trong các vùng nước trong đất liền và có thể chảy, đứng hoặc do con người tạo ra. Sông và suối, hồ và hồ chứa, và ao cá nhân tạo là những ví dụ thuộc ba loại tương ứng. Tất cả những điều này được phân biệt bởi nước có độ mặn thấp chảy từ các lưu vực thu nước mưa tự nhiên do rừng tạo ra.

Hệ sinh thái nước ngọt phục vụ nhiều lợi ích thiết thực cho con người, bao gồm là nguồn nước rẻ và thuận tiện cho mục đích sử dụng trong gia đình và công nghiệp, một hệ thống xử lý chất thải tự nhiên và một hồ chứa cho chu trình nước tự nhiên. Các vùng nước ngọt cũng có thể đóng vai trò là tuyến đường vận chuyển.

Loại hệ sinh thái này thường gặp nguy hiểm do nhu cầu thoát nước để phục vụ mục đích thủy sản và nông nghiệp.