Hệ sinh thái nông nghiệp là hệ sinh thái nhân tạo được tạo ra trong quá trình phát triển đất đai và vùng bờ biển/dưới nước để canh tác, chăn nuôi và đánh bắt cá.

Kể từ khi nông nghiệp phát triển để mang lại lợi ích cho xã hội loài người, nên con người đã tiếp tục thu được nhiều lợi ích từ các loại hệ sinh thái này. Nó đã đóng vai trò là nguồn cung cấp dinh dưỡng và sinh kế chính của người dân, cũng như các nhu cầu cơ bản khác, trong nhiều thế hệ. Trong trường hợp của Philippines, nó trong lịch sử là một trong những động lực kinh tế chính cho đất nước.

Có khoảng 1.210 loài thực vật nông nghiệp địa phương ở đây, hơn một phần ba trong số đó có giá trị lương thực. Nông nghiệp cũng hỗ trợ các loại cây trồng tiền mặt khác cho thức ăn chăn nuôi, dược phẩm/thảo dược, cây cảnh và các giá trị công nghiệp. Gạo, ngô và dừa là những loại sản phẩm chính thu được thông qua nông nghiệp ở Philippines.

Có thể nói rằng các hệ sinh thái nông nghiệp vừa bị đe dọa vừa là mối đe dọa đối với các hệ sinh thái khác, mặc dù tầm quan trọng kinh tế xã hội không thể nghi ngờ của chúng. Một mặt, phát triển đô thị liên tục để sử dụng đất dân cư và thương mại đang lấn chiếm đất nông nghiệp. Đổi lại, nông dân buộc phải di chuyển vùng cao, gây hại cho hệ sinh thái rừng trong quá trình này.

Một vấn đề quan trọng khác cần được giải quyết trong các vấn đề liên quan đến nông nghiệp là cuộc tranh luận liên quan đến cây trồng lai có giá trị cao và các sinh vật biến đổi gen được khơi dậy bởi cái gọi là Cách mạng Xanh của những năm 1960. Mặc dù những ứng dụng của công nghệ sinh học hiện đại này được phát triển với mục đích lợi ích của nhân loại (tức là tăng nguồn cung cấp lương thực và đảm bảo an ninh lương thực thế giới), các rủi ro môi trường và sức khỏe con người liên quan đến việc nhân giống các loại cây trồng như vậy vẫn chưa được nghiên cứu đầy đủ và do đó vẫn còn được tranh luận nhiều trong chiến dịch bảo vệ và bảo tồn đa dạng sinh học tổng thể.