Indonesia là một quốc gia quần đảo nhiệt đới nằm trên hai lục địa, đó là Châu Á và Úc và hai đại dương, cụ thể là Thái Bình Dương và Ấn Độ Dương. Có tới 18.110 hòn đảo đã được ghi nhận trong đó 10% là các đảo san hô với độ cao dưới 2 mét. Lãnh thổ đất liền của Indonesia có diện tích 1.919.440 km2 trong khi vùng biển của đất nước mở rộng trên 3.257.483 km2 với đường bờ biển là 108.920 km. Về mặt địa chất, Indonesia được đi qua bởi hai dãy núi non trẻ của thế giới, đó là dãy núi Địa Trung Hải ở phía tây và dãy núi Circum Thái Bình Dương ở phía đông. Hai tuyến đường núi này đã khiến Indonesia có nhiều núi lửa đang hoạt động, thường được gọi là Vành đai lửa Thái Bình Dương. Về mặt địa lý sinh học, cảnh quan Indonesia tạo thành một vùng sinh học có thể tách biệt giữa địa lý sinh học của động thực vật châu Á với Australasia để các dòng Wallacea và đường địa lý sinh học được hình thành, chẳng hạn như dòng Weber và Lydekker. Dòng Wallace dựa nhiều hơn vào các nghiên cứu về động vật có xương sống và thực vật, trong khi dòng Weber là bằng nghiên cứu về phân bố cá và Lydekker bằng nghiên cứu phân bố động vật có vú. Những quan điểm và nghiên cứu đó xác định phạm vi địa lý sinh học của Indonesia với lượng đa dạng sinh học khổng lồ.