Satu lagi jenis ekosistem yang terkemuka yang secara semula jadi berlaku di Filipina, memandangkan banyak kawasan pesisir di negara ini, adalah ekosistem bakau. Bakau adalah flora bersaiz sederhana dan sangat tahan yang boleh bertahan dalam air payau (air yang lebih masin daripada air tawar, tetapi tidak sebanyak air laut). Filipina mempunyai lebih daripada separuh daripada 70 spesies bakau di dunia.

Orang ramai mendapat manfaat daripada sistem bakau kerana ia berfungsi sebagai tempat pembiakan dan pemakanan untuk spesies daratan dan akuatik tempatan, sementara juga menjadi “tempat berhenti” untuk spesies berhijrah. Mereka juga menyumbang kepada keseimbangan ekologi dengan menstabilkan dan meminimumkan pemendapan dan silatan di terumbu karang, sementara juga memudahkan peningkatan kawasan tanah melalui tanah dan serpihan terkumpul.

Walaupun ekosistem bakau sudah dinamik dan tidak stabil kerana lokasinya, ekosistem bakau juga biasanya terancam oleh interaksi manusia kerana penggunaan dan penggunaan komuniti pesisir.