Một loại hệ sinh thái nổi bật khác xuất hiện tự nhiên ở Philippines, với vô số các khu vực ven biển của đất nước này, là hệ sinh thái rừng ngập mặn. Rừng ngập mặn là loài thực vật có kích thước trung bình và có khả năng chịu đựng cao, có thể tồn tại trong nước lợ (nước mặn hơn nước ngọt, nhưng không nhiều như nước biển). Philippines tự hào có hơn một nửa trong số 70 loài rừng ngập mặn trên thế giới.

Mọi người thu được lợi ích từ các hệ thống rừng ngập mặn vì chúng đóng vai trò là nơi sinh sản và kiếm ăn cho các loài sống trên cạn và dưới nước địa phương, đồng thời là “địa điểm dừng chân” cho các loài di cư. Chúng cũng góp phần cân bằng sinh thái bằng cách ổn định và giảm thiểu sự lắng đọng và phù sa trong các rạn san hô, đồng thời tạo điều kiện cho việc tăng diện tích đất bằng cách tích tụ đất và mảnh vụn.

Trong khi các hệ sinh thái rừng ngập mặn đã là môi trường năng động và không ổn định do vị trí của chúng, chúng cũng thường bị đe dọa bởi sự tương tác của con người do việc sử dụng và tiêu thụ các cộng đồng ven biển.