鉴于菲律宾沿海地区众多，菲律宾自然出现的另一种重要生态系统类型是红树林生态系统。红树林是中等大小且具有高度耐受性的植物，可以在咸水（比淡水更含盐的水，但不如海水那么多）中生存。菲律宾自豪地拥有世界上70种红树林中的一半以上。

人们从红树林系统中受益，因为它们是当地陆地和水生物种的繁殖和觅食场所，同时也是迁徙物种的 “中途停留地”。它们还通过稳定和最大限度地减少珊瑚礁的沉积和淤积来促进生态平衡，同时通过积累的土壤和废弃物促进陆地面积的增加。

尽管红树林生态系统由于其位置而已经是动态和不稳定的环境，但由于沿海社区的利用和消费，它们也经常受到人为互动的威胁。