ระบบนิเวศที่โดดเด่นอีกประเภทหนึ่งที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติในฟิลิปปินส์เนื่องจากมีพื้นที่ชายฝั่งมากมายของประเทศนี้คือระบบนิเวศชายเลนป่าชายเลนเป็นพืชขนาดกลางและทนทานสูงซึ่งสามารถอยู่รอดได้ในน้ำกร่อย (น้ำที่เค็มมากกว่าน้ำจืด แต่ไม่มากเท่าน้ำทะเล)ฟิลิปปินส์มีชายเลนมากกว่าครึ่งหนึ่งของโลก 70 สายพันธุ์

ผู้คนได้รับประโยชน์จากระบบชายเลนเนื่องจากทำหน้าที่เป็นแหล่งเพาะพันธุ์และให้อาหารสำหรับสายพันธุ์บนบกและสัตว์น้ำในท้องถิ่น ในขณะที่ยังเป็น “จุดหยุดยั้ง” สำหรับสายพันธุ์ที่อพยพด้วยพวกเขายังมีส่วนช่วยในการสร้างความสมดุลทางนิเวศโดยการรักษาเสถียรภาพและลดการตกตะกอนและการตกตะกอนในแนวปะการัง ในขณะเดียวกันยังอำนวยความสะดวกในการเพิ่มพื้นที่ที่ดินโดยการสะสมของดินและเศษซากต่างๆ

ในขณะที่ระบบนิเวศชายเลนเป็นสภาพแวดล้อมแบบไดนามิกและไม่เสถียรอยู่แล้วเนื่องจากที่ตั้ง แต่ก็มักถูกคุกคามจากปฏิสัมพันธ์ของมนุษย์เนื่องจากการใช้ประโยชน์และการบริโภคชุมชนชายฝั่ง